Pauline et Cécile, ou comtesse d'Alfuente, ont prouvées une nouvelle fois leurs capacités à retrouver des coupables. Un soir, la cassette de la Reine est dérobée et Agnès, une jeune couturière et amie de Cécile, disparaît au même moment. S'ajoute à cela des morts partout dans le château et aux alentours. C'est trop pour Cécile et Pauline qui monte leur propre enquête pour retrouver leur ami disparue.
Après "complot à Versailles" et "La dame aux élixirs", "L'aiguille empoisonnée" est le troisième tome des aventures de Pauline et Cécile à Versailles.